Действие разворачивается в обновлённой версии виртуального мира «Мир» под названием R:X (Revision:X), который является эволюцией сетевой вселенной, знакомой по предыдущим частям франшизы .hack. Здесь начинается история трёх новых персонажей: Сакуи, Мэри и Тобиаса, чьи пути пересекаются, когда они решают объединить силы для исследования опасных подземелий и выполнения рискованных квестов.
