Действие разворачивается за сорок лет до событий знаменитого сериала и показывает, как была создана цивилизация сайлонов — искусственной расы, изначально служившей человеку. Фильм следует за двумя прототипами, Центавром и Кассиопеей, чьи пути расходятся и вновь пересекаются на фоне грядущей катастрофы.
