После триумфа первой части команда Нео, Тринити и Морфеуса сталкивается с новой угрозой: армия машин готовит масштабное вторжение в Сион — последний город свободных людей, и у восставших остаётся очень мало времени, чтобы подготовиться к защите. Чтобы получить преимущество, бойцы за свободу решают вытащить из Матрицы Ключника — программу, которая хранит данные о всех предыдущих версиях...
